神经元高尔基染色分析：树突棘密度、树突长度

一、操作准备

1、软件准备：Fiji

2、插件准备：Sholl (自带) & NeuronJ（NeuronJ），插件安装后重启

二、图像预处理

1、标尺设定：在标尺上勾画线段 -> Analyze -> Scale set -> 输入标尺和单位

Known distance & Unit of length

2、导入原图后去黄，使得树突对比度更高！ Image -> Adjust -> Brightness/Contrast（感觉有点鸡肋）

3、8-bit转换：Image -> Type -> 8-bit

4、图像增强（选用）：Process -> Enhance contrast

5、选择合适的阈值分割算法将图像二值化：Image -> Adjust -> Threshold，并删去标尺（框选部分，Edit -> Clear）

6、修补断裂的部分 并 Process -> Binary -> Make Binary！否则会变成！

【如果遇到特别杂乱的背景】

利用矩形工具框选目标，复制窗口，利用取色笔取背景色，再利用画笔涂抹掉非目标区域

双击可选择笔画粗细，喷漆几何图案更省事！

8、骨架改色，变成荧光绿等： Image -> Color -> Channel Tool -> More -> Green

9、树突骨骼化：Process -> Binary -> Skeletonize

10、分析树突棘数量：Analyze -> Skeleton

11、统计、作图

End-point voxels：树突棘个数

Longest Shortest Path：树突长度

统计量为树突棘密度：Spine Density = End-point voxels/Longest Shortest Path

参考文献：

(1 封私信) 快速树突棘密度分析方法及细胞计数 - 知乎

image J软件的使用（医学科研）-树突棘密度分析_哔哩哔哩_bilibili