Ribo-seq

核糖体印记测序（Ribo - seq，Ribosome profiling sequencing）是一种通过捕获核糖体保护的约30nt RNA片段来研究基因翻译动态的高通量技术，该技术填补了转录组与蛋白质组间的空白，广泛应用于研究转录后调控、翻译调控机制。

背景说明

Ribo - seq主要利用了核糖体保护机制，核糖体在翻译过程中会覆盖约30nt的RNA片段，形成核糖体保护片段（RPFs，Ribosome Protected Fragments）。利用蛋白酶抑制剂可以瞬时捕获住处于翻译过程的多聚核糖体与RNA链复合物，未被核糖体保护的RNA区域会被核酸酶消化，而RPFs因核糖体的物理遮挡得以保留，从而精准反映翻译活动的具体位置，了解蛋白质表达水平及其丰度，还能直接对翻译过程进行研究。

图 Ribo-seq技术流程（Gobet C and Naef F., 2017）。

服务流程

客户在线下单——订单/实验材料确认——样本准备与预处理——核糖体固定与细胞裂解——核酸酶消化与RPFs纯化——文库构建与测序——数据质控——结果交付

服务内容及说明

技术优势

1、高分辨率与精确性：通过捕获与核糖体结合的正在翻译的RNA片段，Ribo-seq能精确定位翻译起始/终止位点，甚至检测非AUG起始密码子、框架转移等精细翻译事件。且RPFs的三碱基分布特征可区分真实翻译事件与非特异性信号，确保数据可靠性。

2、动态翻译瞬时捕获：通过“冻结”翻译状态，可记录特定时间点的翻译动态，解析不同条件下的蛋白质合成变化，结合核糖体密度分布，量化翻译速率差异并识别翻译暂停位点，揭示调控因子作用机制。

3、与其他组学联合分析：通过联合转录组和蛋白质组数据，Ribo-seq量化翻译效率，弥补RNA丰度与蛋白表达量之间的关联缺失，系统地研究基因表达与翻译调控之间的关系。

适用场景

1、翻译动态与调控机制解析

（1）翻译效率计算：联合RNA-seq数据，量化翻译效率，揭示转录后调控机制，解释RNA与蛋白质表达量的差异。

（2）翻译起始/终止位点定位：检测非AUG起始密码子、框架转移及终止效率异常事件，解析翻译调控元件的功能。

（3）核糖体暂停与速率分析：通过核糖体密度分布，识别翻译暂停位点（如密码子偏好性、RNA修饰影响区域）。

2. 非经典翻译事件发现

（1）非编码RNA翻译潜力：鉴定lncRNA、circRNA等非编码RNA中隐藏的小开放阅读框，验证其编码微肽的功能。

（2）非经典ORF研究：发现上游ORF、下游ORF及跨外显子翻译事件，扩展蛋白质编码基因注释。

实验周期

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客户下单及项目信息填写

在我司官网http://www.biorun.com/进行注册或登录，请客户按照页面提示填写项目名称、选择项目类型、填写个人信息及联系方式，提交项目所需要的具体信息（可联系区域销售经理）。

实验信息

实验过程中客户可以随时登入管理系统查看项目实时进展情况。实验结题时系统会通过短信自动通知客户，并发送实验报告查看网址。实验结题后，实验报告、检测结果可在线查看或打印，并永久保留。

实验交付内容

1、所有实验的原始数据（包括实验过程、实验试剂与设备等）；

2、Ribo-seq单组学标准分析及与mRNA-seq数据关联分析结果（如无mRNA-seq数据，则不呈现该部分内容）。

案例展示

图 衰老小鼠肝肾的Ribo-seq和RNA-seq（Anisimova et al., 2020）。

参考文献

[1] Gobet C, Naef F. Ribosome profiling and dynamic regulation of translation in mammals[J].Current opinion in genetics & development,2017, 43: 120-127.

[2] Anisimova A S, Meerson M B, Gerashchenko M V, et al. Multifaceted deregulation of gene expression and protein synthesis with age[J].Proceedings of the National Academy of Sciences,2020, 117(27): 15581-15590.